Otázky k magisterským zkouškám směru Botanika (EEB)

Státnicové okruhy otázek k magisterským zkouškám programu Ekologická a evoluční biologie - obor botanika, schválené akreditací platnou od roku 2012

Závěrečná státní zkouška je ústní a skládá se podle Studijního řádu z:

  • obhajoby diplomové práce
  • ústní zkoušky, která se provádí před komisí složené z nejméně 5 členů. Uchazeč má prokázat schopnost orientace ve zvoleném oboru, znalost faktů, samostatného uvažování a odborné diskuze. Studenti jsou zkoušeni ze čtyř z následujících pěti předmětů: (1) Systém a evoluce sinic, řas a hub, (2) Systém a evoluce vyšších rostlin, (3) Ekologie rostlin a geobotanika, (4) Regionální botanika a (5) Metody botaniky. Povinné absolvování a obsah předmětů vychází ze studijního plánu a tří základních zaměření oboru (Biosystematika rostlin, Ekologie rostlin a Fykologie a mykologie):

(1) Systém a evoluce sinic, řas a hub
(předmět povinný pro zaměření Fykologie a mykologie)

  • Stavba těl sinic, řas, hub a houbám podobných organismů na buněčné úrovni: jádro, organely, cytoplazma a cytoskelet, membránové struktury, stavba buněčné stěny, růst a dělení buněk
  • Výživa sinic, řas a hub: zdroje, příjem a transport živin, základní složky výživy, látky obsažené v buňkách a pletivech, primární a sekundární metabolity
  • Jednobuněčné organismy: monadoidní, ameboidní, kapsální a kokální, resp. kvasinkovité typy řas a hub
  • Vláknité formy: trichální, heterotrichální, sifonokladální a sifonální řasy, myceliální houby s cenocytickými a přehrádkovanými hyfami, růst a formování stélky, modifikace vláken, specializované útvary
  • Pletivné stélky řas, pletivné útvary hub (vegetativní i reprodukční - sporokarpy, konidiomata, plodnice), stavba stélek lišejníků
  • Vegetativní, nepohlavní a pohlavní rozmnožování u různých skupin sinic, řas, hub a podobných organismů; střídání jaderných fází, životní cykly, rodozměna, genetická problematika (homo- a heterothalismus, genetická kompatibilita a pojetí druhu)
  • Způsoby šíření a přežívání u různých skupin řas a hub: zoospory, aplanospory, hypnospory, jejich vznik, stavba a klíčení
  • Prokaryotické organismy: Cyanobacteria - autotrofní výživa, vliv fotosyntézy na složení atmosféry, původ semiautonomních organel
  • Fylogeneze eukaryotických organismů, pojetí říší a dílčích jednotek v současném systému, evoluční trendy a potenciální příbuzenské vztahy mezi různými skupinami eukaryot, paleontologické doklady
  • Řasové a houbám podobné organismy z říše Chromalveolata: Dinophyta, Cryptophyta, Haptophyta, Heterokontophyta (Chromophyta): Chrysophyceae, Xanthophyceae, Bacillariophyceae, Phaeophyceae, Peronosporomycota (= Oomycota), Labyrinthulomycota, Hyphochytriomycota
  • Řasové a houbám podobné organismy z říše Rhizaria: Chlorarchniophyta, Plasmodiophoromycota
  • Řasové a houbám podobné organismy z říše Excavata: Euglenophyta, Acrasiomycota
  • Houbám podobné organismy z říše Amoebozoa: Myxomycota (= Mycetozoa: Protostelea, Dictyostelea, Myxogasterea)
  • Houbové organismy z říše Opisthokonta (dříve řazené v říši Fungi), bazální skupiny: Microsporidiomycota, parafyletická skupina Chytridiomycota, Neocallimastigomycota, Blastocladiomycota, polyfyletická skupina Zygomycota (Entomophthoromycotina, Zoopagomycotina, Kickxellomycotina, Mucoromycotina)
  • Houby z říše Opisthokonta (dříve Fungi), vývojově pokročilé monofylum (tzv. "crown fungi"): Glomeromycota, Ascomycota (Taphrinomycotina, Saccharomycotina, Pezizomycotina), Basidiomycota (Pucciniomycotina, Ustilaginomycotina, Agaricomycotina), pomocné skupiny Deuteromycota a Lichenes
  • Řasové organismy z říše Plantae (= Archaeplastida), podříše Biliphyta: Glaucophyta, Rhodophyta
  • Řasy z říše Plantae (= Archaeplastida), podříše Viridiplantae, vývojová linie Chlorophytae: Chlorophyta: (Prasinophyceae, Ulvophyceae, Cladophorophyceae, Trebouxiophyceae, Chlorophyceae)
  • Řasy z říše Plantae (= Archaeplastida), podříše Viridiplantae, vývojová linie Streptophytae: Charophyta (Klebsormiophyceae, Charophyceae, Zygnematophyceae), fylogenetická návaznost na vyšší rostliny
Povinná literatura a informační zdroje:
  • Kalina T. & Váňa J. (2005): Sinice, řasy, houby, mechorosty a podobné organismy v současné biologii. Karolinum, Praha. Tree of Life. http://tolweb.org/tree/
Státnicové otázky vycházejí převážně z látky přednášené v předmětech:
  • Bi9050 Systém řas a hub pro pokročilé
  • Bi7525 Obecná mykologie (část náplně předmětu)

(2) Systém a evoluce vyšších rostlin
(povinný předmět zaměření Biosystematika rostlin a Ekologie rostlin)

  • Vývoj klasifikace rostlin a metody současné systematiky: Od Theophrasta přes renesanční herbáře, Cesalpina, Linnéa, Adansona, de Jussieu k rozvoji systematiky v 19.-20. stol.; přístupy fytogeografické, cytologické, paleobotanické, fylogenetické, molekulární, např. bar-coding a fylo-kód. Základní principy botanické nomenklatury: taxonomické jednotky, zásady priority a typizace, vyloučení homonymity, přesun ve směru horizontálním a vertikálním, popis a publikace jména, odlišnosti zoologické nomenklatury oproti botanické
  • Evoluce vyšších rostlin: Specifické rysy: geografická izolace, mezidruhová hybridizace, polyploidizace a její důsledky, reprodukční systémy rostlin, genetický posun, rozdíly mezi evolucí živočichů a rostlin. Postavení vyšších rostlin v systému živých organizmů, jejich podstatné znaky, stáří a fylogenetický původ; podmínky a důsledky přechodu na souš, základní fylogenetické trendy v jednotlivých liniích vyšších rostlin - např. redukce gametofytu, stavba spermatozoidů, diferenciace sporangiií, semennost
  • Základní morfologická terminologie vztahující se k životním formám, tvarové proměnlivosti, kořeni, stonku, listu, květenství, květům, plodům a semenům
  • Charakteristika morfologická, popř. ekologická, geografická či charakteristika užitkových vlastností významných čeledí krytosemenných: amborelovité (Amborellaceae), leknínovité (Nymphaeaceae), šácholánovité (Magnoliaceae), podražcovité (Aristolochiaceae), árónovité (Araceae), liliovité (Liliaceae), vstavačovité (Orchidaceae), kosatcovité (Iridaceae), česnekovité (Alliaceae), amarylkovité (Amaryllidaceae), konvalinkovité (Convallariaceae), hyacintovité (Hyacinthaceae), sítinovité (Juncaceae), šáchorovité (Cyperaceae), lipnicovité (Poaceae), pryskyřníkovité (Ranunculaceae), mákovité (Papaveraceae), zemědýmovité (Fumariaceae), laskavcovité (Amaranthaceae incl. Chenopodiaceae), hvozdíkovité (Caryophyllaceae), rdesnovité (Polygonaceae), tučnolisté (Crassulaceae), kakostovité (Geraniaceae), pryšcovité (Euphorbiaceae), violkovité (Violaceae), vrbovité (Salicaceae), bobovité (Fabaceae), růžovité (Rosaceae), jilmovité (Ulmaceae), bukovité (Fagaceae), břízovité (Betulaceae), brukvovité (Brassicaceae), slézovité (Malvaceae), vřesovcovité (Ericaceae), prvosenkovité (Primulaceae), brutnákovité (Boraginaceae), lilkovité (Solanaceae), mořenovité (Rubiaceae), zárazovité (Orobanchaceae), jitrocelovité (Plantaginaceae), krtičníkovité (Scrophulariaceae), hluchavkovité (Lamiaceae), miříkovité (Apiaceae), zimolezovité (Caprifoliaceae), pižmovkovité (Adoxaceae), hvězdnicovité (Asteraceae), zvonkovité (Campanulaceae)
Povinná literatura:
  • Hendrych R (1986): Systém a evoluce vyšších rostlin. Ed. 2. SPN, Praha. Mártonfi P. (2007): Systematika cievnatých rastlín. Ed. 3. Vydavateľstvo Univerzity P. J. Šafárika, Košice.
  • Slavíková Z. (2002): Morfologie rostlin. Karolinum, Praha. Smejkal M. (1992): Systém a evoluce vyšších rostlin. In: Rosypal S. et al. [eds.], Fylogeneze, systém a biologie organismů. SPN, Praha, pp. 205-350.
Státnicové otázky vycházejí převážně z látky přednášené v předmětech:
  • Bi0090Užitkové rostliny (část náplně tohoto předmětu)
  • Bi1180 Morfologie rostlin
  • Bi4115 Systém cévnatých rostlin
  • Bi6580 Taxonomie rostlin (část náplně tohoto předmětu)
  • Bi9090 Systém vyšších rostlin pro pokročilé

(3) Ekologie rostlin
(povinný předmět všech zaměření oboru Botanika)

  • Světlo jako ekologický faktor: sluneční záření a jeho změny při průchodu atmosférou, využití záření při fotosyntéze, adaptace organismů na sezónní a diurnální variabilitu záření, fotosyntéza v závislosti na koncentraci CO2, teplotě, zásobě vody a dostupnosti živin, rostliny C3, C4 a CAM, heliofyty a sciofyty
  • Teplota a její vliv na rostliny: teplotní gradienty v přírodě, ektotermní a endotermní organismy, adaptace k vysokým a nízkým teplotám, vliv teploty na fenologické projevy rostlin, teplota a zeměpisné rozšíření druhů
  • Voda jako ekologický faktor: voda v přírodě, její zdroje a druhy, chemismus vody, příjem a výdej vody rostlinou, voda jako životní prostředí rostlin
  • Půda jako prostředí rostlin: složení půdy, humus, diferenciační pedogenetické procesy, diagnostické půdní horizonty, hlavní půdní typy České republiky, vliv půdního pH na rostliny, příjem dusíku a fosforu rostlinami, bakteriemi a houbami, mineralizace, nitrifikace, denitrifikace, metanogeneze, oxidace metanu, halofyty, acidofyty, bazifyty, psamofyty, chasmofyty
  • Vzájemné vztahy rostlin, hub a jiných organismů: symbiotická fixace vzdušného dusíku, mykorhiza, endofytismus, lichenismus, symbiotické interakce s živočichy, parazitismus (hemi- a holoparazitické rostliny, fyto- a zoopatogenní houby), herbivorie a karnivorie
  • Populační ekologie rostlin: definice a základní vlastnosti populace, demografie, životní formy rostlin, životní cyklus jednoletých, dvouletých a vytrvalých rostlin, způsoby opylování, tvorba semen, způsoby šíření diaspor, semenná banka, dormance semen, způsoby vegetativního šíření, klonalita rostlin, kolonizace, expanze a invaze rostlin, alelopatie, vnitrodruhová kompetice, regulace denzity rostlinné populace, mezidruhová kompetice, životní strategie rostlin, koncepce C-S-R a r-K strategií, metapopulace
  • Základní biogeografické pojmy: areál a jeho struktura a dynamika, endemity a typy endemismu, relikty, ostrovní fenomén, areáltyp, srovnání areálů a rozšíření rostlin a hub
  • Ekologie rostlinných společenstev: pojem společenstvo, struktura a způsoby popisu společenstva (klasifikace a gradientová analýza), vztah mezi lokálními a regionálními procesy, individualistické a organismální pojetí společenstva, sdružovací pravidla, změny společenstev v čase (typy a mechanismy sukcese, klimax, raně a pozdně sukcesní druhy a jejich vlastnosti, cyklické změny společenstev), indexy diverzity, ekvitabilita, křivky dominance a diverzity, alfa, beta a gama diverzita, teorie niky a kompetitivního vyloučení, závislost lokálního druhového bohatství na produktivitě a disturbanci, regionální vlivy na lokální druhové bohatství, species pool
  • Makroekologie: odhady počtu druhů na Zemi, změny globální diverzity v geologické minulosti, hromadná vymírání, adaptivní radiace, současné globální změny biodiverzity, teorie ostrovní biogeografie a její zobecnění, vztah mezi počtem druhů a velikostí plochy, latitudinální gradient biodiverzity, hypotézy vysvětlující velkou tropickou biodiverzitu, altitudinální gradient biodiverzity a efekt středu domény, vliv stanovištní heterogenity na biodiverzitu, statistické a biologické modely rozložení relativních abundancí druhů, vzácnost druhů, nulové modely v makroekologii, Hubbellova neutrální teorie, metabolická teorie ekologie
  • Biologické invaze: základní pojmy invazní ekologie, invazivnost druhů a její příčiny, příklady úspěšných invazních druhů, rozdíly v invadovanosti velkých území a biotopů, teorie invazibility, druhové bohatství vs. invazibilita (teorie biotické rezistence)
  • Ekosystémy: definice a základní vlastnosti ekosystému, biomasa, primární produktivita a její ovlivnění faktory prostředí, toky energie v potravních řetězcích, tok látek, dekompozice a úloha mykobioty, saprotrofie, bilance živin v terestrických a akvatických ekosystémech, globální biogeochemické cykly a jejich ovlivnění činností člověka (fosfor, dusík, síra, uhlík)
  • Sladkovodní ekosystémy: bentické habitaty a vymezení bentosu, formy řas v bentosu (ekomorfologie), ekologický význam bentických řas (objem biomasy, sušina, taxonomické zastoupení, chemicko-fyzikální parametry, funkce fytobentosu), typy a adaptační strategie planktonu, ekologie planktonu (živiny, světlo, teplota, sedimentace, predace, parasitismus, mortalita, makroelementy, pH a uhličitanový systém), sezónní dynamika fytoplanktonu, eufytoplankton, sladkovodní perifyton (epilimnion, metalimnion, hypolimnion, reakce perifytonu na změnu teploty, lentický a lotický perifyton, vliv geomorfologie, prostorových parametrů a slunečního záření na perifyton), dynamika ekosystému mokřadu (otevřené, suché, uzavřené a jezerní stadium).
Povinná literatura:
  • Begon M., Harper J. L. & Townsend C. R. (1997): Ekologie. Jedinci, populace a společenstva. Vydavatelství Univerzity Palackého, Olomouc.
  • Krebs C. J. (2001): Ecology: the experimental analysis of distribution and abundance. 5th ed. Benjamin Cummings, San Francisco.
  • Slavíková J. (1986): Ekologie rostlin. Státní pedagogické nakladatelství, Praha.
Státnicové otázky vycházejí převážně z látky přednášené v předmětech:
  • Bi5080 Základy ekologie
  • Bi5210 Populační ekologie rostlin
  • Bi7580 Fytogeografie
  • Bi6340 Ekologie společenstev a makroekologie
  • Bi7535 Ekologie a význam hub
  • Bi9535 Ekologie sinic a řas

(4) Regionální botanika
(povinný předmět všech zaměření oboru Botanika)

  • Květena České republiky: endemity a relikty ve flóře ČR, základní migroelementy a chronoelementy, migrační cesty teplomilných a suchomilných druhů, florogenetická a typologická fytogeografická členění ČR, vegetační stupně, charakteristika fytochorionů ČR, jejich flóra a vegetace; znalost běžných druhů a determinačně kritických okruhů české flóry (rostlin, řas nebo hub podle zaměření); determinace podle živého nebo herbářového materiálu, případně fotografií, znalost jejich rozšíření a ekologie
  • Vegetace České republiky: přírodní podmínky ČR a jejich význam pro vegetaci, vegetační mapy ČR, listnaté lesy (hlavní lesní dřeviny, jejich stanovištní nároky a konkurenční vztahy, dynamika přírodního lesa, využívání lesů člověkem, modifikace stanovištních poměrů stromovým patrem; bučiny, dubohabřiny, suťové lesy, acidofilní a teplomilné doubravy, lužní lesy, mokřadní olšiny), jehličnaté lesy (smrčiny, bory, kosodřevina), alpínská vegetace (alpínská lesní hranice, anemo-orografické systémy; alpínské trávníky a vřesoviště, vysokobylinné nivy), vegetace skalních stěn, nelesních sutí a primitivních půd, vodní vegetace, vegetace rákosin, vysokých ostřic a obnažených den, halofilní vegetace, rašeliniště (slatiniště, přechodová rašeliniště, vrchoviště, rašelinné lesy), vegetace pramenišť, louky a pastviny (historie luční vegetace, dynamika, obhospodařování, hlavní vegetační typy), smilkové trávníky a vřesoviště, suché trávníky (vztahy ke stepní vegetaci, hlavní vegetační typy), synantropní vegetace (původ synantropní flóry, ekologie polních plevelů, hlavní vegetační typy); pro mykology společenstva hub různých typů lesních a nelesních biotopů, terestrické, dřevní, půdní nebo vodní houby
  • Společenstva sinic a řas: hlavní taxony terestrického a akvatického prostředí, pramenišť, tekoucích vod, stojatých vod, rašelinišť, půdy, bentosu, planktonu, perifytonu, epilithonu, epipsamonu, epipelonu, terestrická společenstva řas (půdní edafon, borka stromů, epilithon)
  • Vegetace Evropy: klima Evropy a jeho vliv na vegetaci; ekologie dominant hlavních typů evropské vegetace; fytogeografické vztahy, rozšíření, stanovištní poměry, historie a dynamika hlavních typů evropské vegetace; přehled evropské vegetace podle fytogeografických oblastí: mediteránní vegetace, submediteránní vegetace, horská a alpínská vegetace jižní Evropy, východoevropská step, lesostep východní a střední Evropy, středoevropská vegetace, oceanická vegetace západní Evropy, boreální vegetace, arktická vegetace
  • Květenné říše, struktura jejich flóry a vegetace: Holarktis (Makaronésie, Středozemí, temperátní Evropa, boreální Eurasie, východní Asie, severní Amerika), Paleotropis (africká a asijská část, Oceánie), Neotropis, Capensis, Australis, Antarktis (temperátní jižní Amerika, Nový Zéland, subantarktické ostrovy)
  • Biomy Země: ekologické faktory ovlivňující variabilitu vegetace ve světovém měřítku, tropický deštný les, mangrove, savany, pouště a polopouště, formace tvrdolistých neopadavých a opadavých dřevin, stepi, prérie, pampy, listnaté lesy mírného pásma, jehličnaté lesy vyšších zeměpisných šířek, tundra
  • Historický vývoj flóry a vegetace: doba ledová a její vliv na současnou flóru a vegetaci, změny flóry a vegetace během teplých a chladných výkyvů v pleistocénu, členění holocénu, postglaciální vývoj vegetace ve střední Evropě, dřeviny Evropy a ČR v posledních 20 000 letech (refugia a šíření), původ a stáří dnešních přirozených ekosystémů a rostlinných společenstev, lidský vliv na vegetaci během holocénu (zemědělství polní a pastevní, vývoj zemědělských technik, původ kulturních rostlin a dějiny jejich pěstování, vznik a vývoj současné kulturní krajiny v závislosti na osídlování)Historický přehled institucionalizace české botaniky: university, vědecké společnosti, časopisy, musea, základní díla o flóře a vegetaci České republiky ve středoevropském kontextu
Povinná literatura
  • Culek M. [ed.] 1996. Biogeografické členění České republiky. Enigma, Praha.
  • Hejný S. & Slavík B. [eds.] (1988 et seq.) Květena České (socialistické) republiky. Academia, Praha.
  • Hendrych R. (1984): Fytogeografie. Státní pedagogické nakladatelství, Praha.
  • Chytrý M. [ed.] (2007 et seq.) Vegetace České republiky. Academia, Praha.
  • Chytrý M., Kučera T., Kočí M., Grulich V. & Lustyk P. [eds.] (2010): Katalog biotopů České republiky. Ed. 2. Agentura ochrany přírody a krajiny ČR, Praha.
  • Janko J. (1997): Vědy o životě v českých zemích 1750-1950. Práce z dějin Akademie věd. Ser. B. 12: 1-610.
  • Klášterský I., Hrabětová-Uhrová A. & Duda J. (1982): Dějiny floristického výzkumu v Čechách, na Moravě a ve Slezsku I. et II. Severočes. Přírodou, 1982/1(Suppl. 1 et 2): 1-242.
  • Kubát K., Hrouda L., Chrtek J. jun., Kaplan Z., Kirschner J. & Štěpánek J. [eds.] (2002): Klíč ke květeně České republiky. Academia, Praha.
  • Prach K., Štech M. & Říha P. (2009): Ekologie a rozšíření biomů na Zemi. Scientia, Praha.
Státnicové otázky vycházejí převážně z látky přednášené v předmětech:
  • Bi6450 Základní metody terénní botaniky
  • Bi6540 Vegetace ČR
  • Bi6671 Terénní cvičení ke květeně ČR
  • Bi6691 Zahraniční botanická exkurze
  • Bi7580 Fytogeografie
  • Bi7810 Dějiny botaniky
  • Bi8170 Květena ČR
  • Bi8300 Základy paleoekologie
  • Bi8631 Kritické taxony cévnatých rostlin 1
  • Bi8632 Kritické taxony cévnatých rostlin 2
  • Bi9420 Vegetace Evropy
  • Bi9510 Biomy Země
  • Bi9535 Ekologie sinic a řas

(5a) Metody biosystematiky rostlin
(povinný předmět zaměření Biosystematika rostlin)

  • Klasifikační kriteria a pracovní metody rostlinné taxonomie (morfologické, karyologické, genetické, reprodukčně-biologické, chorologické, ekologické, cenologické, biochemické, fenetické, fylogenetické a molekulárně-genetické), hodnota znaků a jejich využití s podrobnějším zaměřením na taxony v hierarchické úrovni druh a poddruh, rostlinný materiál (živý v terénu, v kulturách, herbarizovaný), fytografie (popis, diagnóza, protolog, exsikáty a jejich význam v taxonomických pracích)
  • Variabilita a její hodnocení - (i) ekotypová diferenciace, (ii) fenotypová plasticita, (iii) reprodukční izolace, hybridizace, introgrese a hybridogeneze, (iv) autopolyploidie a alopolyploidie - taxonomická interpretace a klasifikační schémata v těchto skupinách; metody detekce polyploidie, hybridizace a reprodukčních systémů
  • Taxonomické kategorie a jejich pojetí, druh (definice, historické aspekty pojmu druh, nestejnocennost druhů), subspecie a nižší infraspecifické taxony, rod, infragenerické taxony, taxonomické členění rodu
  • Mikroskopické techniky v rostlinné taxonomii, preparace a barvení pylu, pylová viabilita, metody počítání chromosomů a další základní karyologické postupy, průtoková cytometrie, detekce a studium reproduktivních systémů, detekce vybraných molekulárních znaků: izolace DNA, hybridizační techniky, PCR, RAPD, RFLP, AFLP, RT-PCR-kvantifikace retrotranspozonů, sekvenování, klonovací techniky, CoT a reasociační kinetika DNA
  • Základní taxonomická literatura, monografie, flóry, katalogy (check-list), dílčí taxonomické revize, určovací klíče (důležitější zásady jejich konstrukce)
  • Nejdůležitější principy mezinárodní botanické nomenklatury: ICBN, publikace jména, zásady priority a typizace, synonymum, homonymum, jména taxonů podléhající zásadě priority a typizace, nominátní taxony, nomenklatorické kombinace, nomen conservandum, n. novum, n. ambiguum, n. illegitimum; aplikace nomenklatorického kódu, důležitější úsloví a zkratky v taxonomických pracích, jejich význam a použití, praktická řešení úloh z nomenklatoriky
  • Metodika floristického průzkumu a fytocenologického snímkování v terénu: podklady k charakteristice přírodních poměrů území, floristické informační zdroje, zásady terénního průzkumu, zásady sběru a preparace rostlinného materiálu, syntéza floristických dat, praktické aplikace floristického průzkumu, fytocenologické databáze, metody vylišení vegetačních jednotek, TWINSPAN, zpracování fytocenologické tabulky, diagnostické druhy, syntaxonomická hierarchie, základní principy fytocenologické nomenklatury (podmínky efektivní, validní, legitimní a korektní publikace jména, autorské citace), typy vegetačních map a principy mapování vegetace, základní fytocenologická literatura
  • Zásady sběru dat při biosystematickém studiu a výzkumu rostlinných společenstev: plánování experimentů a pozorování, tvorba hypotéz a problém pseudoreplikace (výběr, velikost, rozmístění odběrů a ploch), typy dat (frekvence, denzita, pokryvnost, biomasa), měření diverzity, ekvitabilita, křivky dominance a diverzity, využití Ellenbergových indikačních hodnot
  • Základní metody biostatistiky: testování hypotéz, stochastická rozložení, distribuční funkce, kvantily, spojitá, ordinální a nominální data v biologii, odhady výběrových parametrů, rozložení spojitých a binárních proměnných (testování hypotéz, grafické metody), parametry výběrových statistických populací (výběrový průměr, medián, směrodatná odchylka, rozptyl), aplikace binomického a Poissonova rozložení v biologii, srovnávání parametrů dvou výběrových populací (zcela znáhodněný a párový experimentální plán, parametrické a neparametrické metody), analýza binárních a ordinálních dat (test dobré shody, analýza kontingenčních tabulek), korelační analýza (parametrická a pořaďová korelace, korelační koeficienty, korelační a kovarianční matice, parciální korelace), ANOVA (modely jednoduchého a dvojného třídění, testování interakcí jednoho nebo více pokusných zásahů, hierarchická ANOVA, neparametrické metody analýzy rozptylu), regresní analýza (lineární regrese, polynomiální regrese, analýza rozptylu u regresních analýz, analýza reziduí regresních modelů, vícerozměrná lineární regrese), analýza kovariance.
  • Konstrukce podobnostních stromů při taxonomickém studiu a testování jejich kvality, porovnávání stromů a jejich interpretace. Diskriminační analýza - výběr nejvhodnějších určovacích znaků. Evoluční stromy - fylogenetický přístup, alignment, základní metody jejich konstrukce (maximum likelihood, parsimony), jejich interpretace a testování kvality, testování evoluce znaků, molekulární hodiny. Statistika a fylogeneze na internetu, grafická prezentace výsledků. Mnohorozměrná analýza ekologických a taxonomických dat: transformace a standardizace, míry podobnosti, základní metody aglomerativní klasifikace, princip divizivní klasifikace, teorie gradientové analýzy, lineární a unimodální model, analýza hlavních komponent, (detrendovaná) korespondenční analýza, metody přímé ordinace (RDA, CCA), hodnocení pokusných zásahů a změn vegetace v závislosti na vnějších faktorech
  • Základní metody paleobotaniky: pylová analýza, interpretace pylového diagramu, analýza makrozbytků
  • Zásady vědecké práce v botanice: rešerše literatury, rešeršní a fulltextové databáze a tištěné bibliografické přehledy, základní příručky, referenční literatura a internetové zdroje k botanické nomenklatuře, taxonomii (IK, TTL, BPH), chorologii a fytogeografii, karyologii, sekvenčně molekulární diverzitě, botanické knihovny, herbáře, publikace výsledků výzkumu (vědecké články, plakátová sdělení, referáty), recenzní řízení, vědecké časopisy, scientometrie
  • Aplikace botaniky v ochraně přírody: průzkum, výběr a údržba cenných částí přírody, metody studia a ochrany rostlinného genofondu, systém ochrany přírody v ČR (legislativní rámec, instituce, soustava chráněných území, druhová ochrana), mezinárodní úmluvy o ochraně přírody, červené knihy a červené seznamy
Povinná literatura:
  • Briggs D. & Walters S. M. (2001): Proměnlivost a avoluce rostlin. Univerzita Palackého, Olomouc.
  • Dostál J. (1957): Botanická nomenklatura. Vývoj rostlinného jména a výklad Mezinárodních pravidel botanické nomenklatury. Nakl. Československé akademie věd, Praha.
  • Flégr J. (2005): Evoluční biologie. Academia, Praha.
  • Greuter W. et al. [eds.] (2000): Medzinárodný kód botanickej nomenklatúry. (Saint Louis Code) Zpr. Čes. Bot. Společ. 35 Suppl. 2000/1 / Bull. Slov. Bot. Spoloč. 22 Suppl. 6 : I-XVII, 1-121.
  • Herben T. & Münzbergová Z. (2001): Zpracování geobotanických dat v příkladech. Katedra botaniky PřF UK, Praha.
  • Lepš J. & Šmilauer P. (2000): Mnohorozměrná analýza ekologických dat. Biologická fakulta JčU, České Budějovice.
Státnicové otázky vycházejí převážně z látky přednášené v předmětech:
  • Bi2210 Informační zdroje v botanice
  • Bi5040 Biostatistika - základní kurz
  • Bi6450 Základní metody terénní botaniky
  • Bi6549 Zpracování základních botanických dat
  • Bi6580 Taxonomie rostlin
  • Bi6589 Metody rostlinné taxonomie
  • Bi6590 Statistické zpracování biosystematických a taxonomických dat
  • Bi9070 Ochrana fytogenofondu

(5b) Metody rostlinné ekologie
(povinný předmět zaměření Ekologie rostlin)

  • Metodika floristického průzkumu: podklady k charakteristice přírodních poměrů území, floristické informační zdroje (určovací příručky, národní a regionální flóry, herbářové sbírky), zásady terénního průzkumu, sběr a preparace rostlinného materiálu, syntéza floristických dat, praktické aplikace floristického průzkumu, základní floristická literatura k území ČR
  • Metodika fytocenologického snímkování v terénu, fytocenologické databáze a databázový software, metody vymezení vegetačních jednotek, zpracování fytocenologické tabulky, diagnostické, konstantní a dominantní druhy druhy, syntaxonomická hierarchie, základní principy fytocenologické nomenklatury (ICPN, podmínky efektivní, validní, legitimní a korektní publikace jména, nomenklatorické typy, autorské citace), typy vegetačních map a principy mapování vegetace, základní fytocenologická literatura
  • Zásady sběru dat při ekologickém studiu rostlinných společenstev (výběr, velikost a rozmístění ploch), typy vegetačních dat (frekvence, pokryvnost, biomasa), využití Ellenbergových indikačních hodnot, uspořádání terénních experimentů v ekologii, studium změn vegetace v čase
  • Základní metody biostatistiky: testování hypotéz, stochastická rozložení, distribuční funkce, kvantily, spojitá, ordinální a nominální data v biologii, odhady výběrových parametrů, rozložení spojitých a binárních proměnných (testování hypotéz, grafické metody), parametry výběrových statistických populací (výběrový průměr, medián, směrodatná odchylka, rozptyl), aplikace binomického a Poissonova rozložení v biologii, srovnávání parametrů dvou výběrových populací (zcela znáhodněný a párový experimentální plán, parametrické a neparametrické metody), analýza binárních a ordinálních dat (test dobré shody, analýza kontingenčních tabulek), korelační analýza (parametrická a pořaďová korelace, korelační koeficienty, korelační a kovarianční matice, parciální korelace), ANOVA (modely jednoduchého a dvojného třídění, testování interakcí jednoho nebo více pokusných zásahů, hierarchická ANOVA, neparametrické metody analýzy rozptylu), regresní analýza (lineární regrese, polynomiální regrese, analýza rozptylu u regresních analýz, analýza reziduí regresních modelů, vícerozměrná lineární regrese), analýza kovariance
  • Speciální analýza ekologických dat: transformace a standardizace, odlehlé body, míry podobnosti, základní metody aglomerativní klasifikace, princip divizivní klasifikace, TWINSPAN, řízená vs. neřízená klasifikace, metoda Cocktail, teorie gradientové analýzy, lineární a unimodální model, přímá a nepřímá gradientová analýza, analýza hlavních komponent, (detrendovaná) korespondenční analýza, metody přímé ordinace (RDA, CCA), klasifikační a regresní stromy, hodnocení pokusných zásahů a změn vegetace v závislosti na vnějších faktorech
  • Základní metody paleobotaniky: pylová analýza, interpretace pylového diagramu, analýza makrozbytků, určování stáří vzorků pomocí izotopů, kalibrovaná a nekalibrovaná časová škála
  • Základní metody rostlinné taxonomie: variabilita a její hodnocení, ekotypová diferenciace, paralelní variabilita, autopolyploidie a alopolyploidie, polyploidi, hybridi a hybridogenní druhy, zrušení izolace, introgresívní hybridizace, hodnocení, prezentace dat a klasifikační schémata v těchto skupinách, taxonomické kategorie a jejich pojetí (definice druhu, historické aspekty pojmu druh, nestejnocennost druhů, subspecie a nižší infraspecifické taxony, rod, infragenerické taxony), základní taxonomická literatura (monografie, flóry, katalogy, dílčí taxonomické revize, určovací klíče)
  • Nejdůležitější principy mezinárodní botanické nomenklatury: ICBN, publikace jména, zásady priority, sankcionování a typizace, synonymum, homonymum, jména taxonů podléhající zásadě priority a typizace, nominátní taxony, nomenklatorické kombinace, nomen conservandum, n. novum, n. ambiguum, n. illegitimum, koncovky v hierarchii taxonů rostlin, řas a hub, zásady pojmenování hub s pleomorfickým cyklem (teleomorfa, anamorfa), aplikace kódu, důležitější úsloví a zkratky v taxonomických pracích, jejich význam a použití
  • Zásady vědecké práce v botanice: rešerše literatury, literární databáze a bibliografie, botanické knihovny, herbáře, publikace výsledků výzkumu (vědecké články, plakátová sdělení, referáty), recenzní řízení, vědecké časopisy (základní české a mezinárodní botanické a ekologické časopisy), scientometrie
  • Aplikace botaniky v ochraně přírody: průzkum, výběr a údržba cenných částí přírody, hodnocení vlivu na životní prostředí, revitalizace a biologická rekultivace devastovaných ploch, systém ochrany přírody v ČR (legislativní rámec, instituce, soustava chráněných území, druhová ochrana), mezinárodní úmluvy o ochraně přírody, červené knihy a červené seznamy
Povinná literatura:
  • Herben T. & Münzbergová Z. (2001): Zpracování geobotanických dat v příkladech. Katedra botaniky PřF UK, Praha.
  • Lepš J. & Šmilauer P. (2000): Mnohorozměrná analýza ekologických dat. Biologická fakulta JčU, České Budějovice.
  • Moravec J. et al. (1994): Fytocenologie (Nauka o vegetaci). Academia, Praha.
Státnicové otázky vycházejí z látky přednášené v předmětech:
  • Bi6450 Základní metody terénní botaniky
  • Bi6661 Terénní cvičení z geobotaniky
  • Bi6549 Zpracování základních botanických dat
  • Bi5040 Biostatistika - základní kurz
  • Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev
  • Bi6580 Taxonomie rostlin
  • Bi6589 Metody rostlinné taxonomie
  • Bi9070 Ochrana fytogenofondu

(5c) Metody fykologie a mykologie
(povinný předmět zaměření Fykologie a mykologie)

  • Klasifikační kriteria a pracovní metody rostlinné taxonomie (morfologické, morfologicko-geografické, karyologické, genetické, reprodukčně-biologické, biochemické, evolučně-biologické, chorologické, ekocenotické), hodnota znaků a jejich využití s podrobnějším zaměřením na taxony v hierarchické úrovni druh a subspecie, rostlinný materiál (živý v terénu, v kulturách, herbarizovaný), fytografie (popis, diagnóza, protolog, exsikáty a jejich význam v taxonomických pracích)
  • Variabilita a její hodnocení, ekotypová diferenciace, paralelní variabilita, autopolyploidie a alopolyploidie, polyploidi, hybridi a hybridogenní druhy, zrušení izolace, introgresívní hybridizace, hodnocení, prezentace dat a klasifikační schémata v těchto skupinách
  • Taxonomické kategorie a jejich pojetí, druh (definice, historické aspekty pojmu druh, nestejnocennost druhů), subspecie a nižší infraspecifické taxony, rod, infragenerické taxony, taxonomické členění rodu
  • Základní taxonomická literatura, monografie, flóry, katalogy (check-list), dílčí taxonomické revize, určovací klíče (důležitější zásady jejich konstrukce)
  • Nejdůležitější principy mezinárodní botanické nomenklatury: ICBN, publikace jména, zásady priority, sankcionování a typizace, synonymum, homonymum, jména taxonů podléhající zásadě priority a typizace, nominátní taxony, nomenklatorické kombinace, nomen conservandum, n. novum, n. ambiguum, n. illegitimum, koncovky v hierarchii taxonů rostlin, řas a hub, zásady pojmenování hub s pleomorfickým cyklem (teleomorfa, anamorfa); aplikace kódu, důležitější úsloví a zkratky v taxonomických pracích, jejich význam a použití, praktická řešení úloh z nomenklatoriky
  • Metodika floristického průzkumu: podklady k charakteristice přírodních poměrů území, floristické informační zdroje, zásady terénního průzkumu, zásady sběru a preparace rostlinného materiálu, syntéza floristických dat, praktické aplikace floristického průzkumu
  • Metodika sběru, uchovávání a determinace makromycetů: sběr plodnic s důsledným oddělením různých druhů, popis čerstvého materiálu, metody konzervace a uchování dokladového materiálu, makro- a mikroskopické určovací znaky, pozorovací média, barviva a chemické reakce
  • Metodika sběru, uchovávání a determinace mikromycetů: sběr vzorků, izolace a kultivace jednotlivých druhů, kultivační média a živné půdy, určování izolovaného materiálu, uchování čistých kultur a zásady pro omezení kontaminace, sbírky kultur mikroorganismů
  • Metodika odběru, uchovávání a determinace fytoplanktonu: odběr vzorků, pozorování, dezintegrace, počítání buněk, výpočet abundance, příprava preparátů, fixace materiálu, metody konzervace a uchovávání dokladového materiálu, dokumentace pozorovaných taxonů, mikro- a makroskopické determinační znaky.
  • Metodika odběru, uchovávání a determinace fytobentosu: odběr vzorků, pozorování, dezintegrace, počítání buněk, výpočet abundance, příprava preparátů, fixace materiálu, metody konzervace a uchovávání dokladového materiálu, dokumentace pozorovaných taxonů, mikro- a makroskopické determinační znaky.
  • Metodika odběru, uchovávaní a determinace subaerických a půdních sinic a řas: odběr vzorků, pozorování, dezintegrace, počítání buněk, výpočet abundance, příprava preparátů, fixace materiálu, metody konzervace a uchovávání dokladového materiálu, dokumentace pozorovaných taxonů, mikro- a makroskopické determinační znaky.
  • Laboratorní metodika kultivace sinic a řas: izolace jednotlivých druhů, kultivační média, kultivační postupy, studium ontogeneze, uchovávání čistých kultur, sbírky kultur sinic a řas.
  • Metodika fytocenologického snímkování v terénu, fytocenologické databáze, metody vylišení vegetačních jednotek, TWINSPAN, zpracování fytocenologické tabulky, diagnostické druhy, syntaxonomická hierarchie, základní principy fytocenologické nomenklatury (podmínky efektivní, validní, legitimní a korektní publikace jména, autorské citace), typy vegetačních map a principy mapování vegetace, základní fytocenologická literatura
  • Zásady sběru dat při ekologickém studiu rostlinných společenstev (výběr, velikost, rozmístění ploch), typy dat (frekvence, pokryvnost, biomasa), měření diverzity, ekvitabilita, křivky dominance a diverzity, využití Ellenbergových indikačních hodnot, uspořádání terénních experimentů v ekologii, studium změn vegetace v čase
  • Základní metody biostatistiky: testování hypotéz, stochastická rozložení, distribuční funkce, kvantily, spojitá, ordinální a nominální data v biologii, odhady výběrových parametrů, rozložení spojitých a binárních proměnných (testování hypotéz, grafické metody), parametry výběrových statistických populací (výběrový průměr, medián, směrodatná odchylka, rozptyl), aplikace binomického a Poissonova rozložení v biologii, srovnávání parametrů dvou výběrových populací (zcela znáhodněný a párový experimentální plán, parametrické a neparametrické metody), analýza binárních a ordinálních dat (test dobré shody, analýza kontingenčních tabulek), korelační analýza (parametrická a pořaďová korelace, korelační koeficienty, korelační a kovarianční matice, parciální korelace), ANOVA (modely jednoduchého a dvojného třídění, testování interakcí jednoho nebo více pokusných zásahů, hierarchická ANOVA, neparametrické metody analýzy rozptylu), regresní analýza (lineární regrese, polynomiální regrese, analýza rozptylu u regresních analýz, analýza reziduí regresních modelů, vícerozměrná lineární regrese), analýza kovariance
  • Mnohorozměrná analýza ekologických a taxonomických dat: transformace a standardizace, míry podobnosti, základní metody aglomerativní klasifikace, princip divizivní klasifikace, diskriminační analýza, teorie gradientové analýzy, lineární a unimodální model, analýza hlavních komponent, (detrendovaná) korespondenční analýza, metody přímé ordinace (RDA, CCA), hodnocení pokusných zásahů a změn vegetace v závislosti na vnějších faktorech
  • Základní metody paleobotaniky: pylová analýza, interpretace pylového diagramu, analýza makrozbytků
  • Zásady vědecké práce v botanice: rešerše literatury, literární databáze a bibliografie, botanické knihovny, herbáře, publikace výsledků výzkumu (vědecké články, plakátová sdělení, referáty), recenzní řízení, vědecké časopisy, scientometrie
  • Základní fykologická a mykologická literatura, stěžejní periodika česká a zahraniční, významné informační zdroje pro určování a klasifikaci hub (MycoKey, Index Fungorum)
  • Aplikace botaniky v ochraně přírody: průzkum, výběr a údržba cenných částí přírody, hodnocení vlivu na životní prostředí, revitalizace a biologická rekultivace zdevastovaných ploch, systém ochrany přírody v ČR (legislativní rámec, instituce, soustava chráněných území, druhová ochrana), mezinárodní úmluvy o ochraně přírody, červené knihy a červené seznamy
Povinná literatura:
  • Křísa B. & Prášil K. [eds.] (1994): Sběr, preparace a konzervace rostlinného materiálu. Univerzita Karlova, Praha.
  • Holec J. & Beran M. [eds.] (2006): Červený seznam hub (makromycetů) České republiky. Příroda, Praha, 24: 1-282.
Státnicové otázky vycházejí z látky přednášené v předmětech:
  • Bi6450 Základní metody terénní botaniky
  • Bi6549 Zpracování základních botanických dat
  • Bi5040 Biostatistika - základní kurz
  • Bi9529 Metody terénní fykologie
  • Bi9540 Laboratorní a informační technologie v kryptogamologii
  • Bi7525 Obecná mykologie Bi9070 Ochrana fytogenofondu