Populační ekologie živočichů

Stanislav Pekár

Zásadní inovací předmětu Populační ekologie živočichů je doplnění dosavadní přednášky o cvičení, které má za cíl naučit studenty aplikovat teoretické znalosti v praktickém použití, čímž jim umožní lepší a efektivnější zapojení se do praxe. Cvičení obsahuje uskutečnění krátkých experimentů a jejich následné hodnocení. Použitá data jsou analyzována s využitím sofistikovaného softwaru; využíván je software R, nezbytný pro řešení konkrétních příkladů.

V průběhu léta 2011 byla připravována náplň cvičení s využitím knihy Primer of ecology with R (Stevens, 2009), pořízené z projektových prostředků v jarním období; tato publikace by měla být v dostatečném počtu výtisků k dispozici i studentům při absolvování praktické výuky.
Během podzimu tohoto roku pak byly připravovány konkrétní lekce s využitím knih Population ecology - an introduction to computer simulations (Bernstein, 2003), Applied population ecology - principles and computer exercises using Ramas EcoLab (Akcakaya et al., 1999) a Conservation Biology with Ramas EcoLab (Schultz et al., 1999).

podzimní semestr 2011, výuka realizována v průběhu semestru 19. 9.-22. 12.

Výstupem je učební materiál obsahující 24 připravených příkladů a cvičení, doplňující studijní materiály k teoretickým přednáškám z populační ekologie. Veškeré materiály pro tento předmět včetně cvičení jsou připraveny v anglickém jazyce.

V dalším průběhu je pak náplň cvičení postupně doplňována o nové poznatky z literárních pramenů: Population parameters. Estimation for ecological models (McCallum, 2000), Introduction to population biology (Neal, 2004).

Pro další běh cvičení je připravováno skriptum.
Na jeho přípravě se v průběhu první poloviny roku 2012 podílely spolupracovnice Kateřina Kintrová a Eva Líznarová.
Kateřina Kintrová se podílela na tvorbě textu příkladů, po didaktické i matematické stránce. Příklady jsou podrobně popsány a připraveny z pedagogického hlediska tak, aby co nejlépe usnadnily pochopení daného problému. Opravila a rozšířila matematický zápis rovnic, doplnila komentář ke složitějším vzorečkům. Výpočtem zkontrolovala kód pro výpočet v prostředí R a někde upravila podobu grafů.
Eva Líznarová připravila texty pro praktickou část cvičení. Jde o popis metodiky provedení 10 experimentů, na kterých se studenti naučí řešit metodické problémy související se sběrem dat při studiu populací. Dále se podílela na přípravě chovů studovaných organismů, přípravě fotografií těchto organismů a obrázků potřebné aparatury.

podzimní semestr 2012, výuka realizována v průběhu semestru 17. 9.-21. 12.

Jako základní studijní materiál pro tento předmět je vydáno skriptum Populační ekologie živočichů v příkladech (pro prostředí R) /autoři Stano Pekár, Katka Kintrová/.
Obsahuje 25 příkladů z různých oblastí populační ekologie živočichů, které jsou na cvičeních podrobně probírány. Příklady jsou sestaveny interaktivně tak, aby čtenáře motivovaly a vedly k pochopení výpočtů. Jsou řešeny ve volně dostupném softwarovém prostředí R, které poskytuje nejmodernější matematické a statistické metody. Cílem skript je ukázat použití matematických postupů, které jsou teoreticky probírány na přednáškách, v řešení konkrétních příkladů. Jmenovitě jsou to například odhady velikosti populace, stanovení míry populačního růstu, odhady parametrů modelů ontogenetického vývoje v závislosti na teplotě, demografická analýza, modelování funkční a numerické odpovědi predátorů, šíření jedinců v prostoru, simulace interakcí mezi druhy jako je kompetice nebo predace. Příklady byly vybrány tak, aby reprezentovaly reálné situace z oblastí praktických, jakými jsou ochrana vzácných druhů, boj proti škůdcům, epidemiologie a udržitelný odlov. Mají tudíž naučit studenty používat moderní empirické metody, které jsou ve světě využívány v managementu živočichů; tyto příklady mohou být inspirací i pro kolegy, kteří již v managementu pracují.

Obsah skript:
1. Úvod
2. Přehled základních funkcí
3. Odhad velikosti populace
4. Diskrétní hustotně nezávislý růst populace
5. Kontinuální hustotně nezávislý růst populace
6. Klíčové faktory
7. Model kladení
8. Demografie věkově strukturované populace
9. Analýza věkově strukturované populace
10. Analýza stadiově strukturované populace
11. Lineární teplotní model
12. Nelineární teplotní model
13. Diskrétní hustotně závislý růst populace
14. Trvale udržitelný lov
15. Prostorové rozmístění populace
16. Šíření populace v prostoru
17. Metapopulační dynamika
18. Šířka niky
19. Odhady parametrů modelu kompetice
20. Mezidruhová kompetice
21. Funkční odpověď
22. Numerická odpověď
23. Model predátor-kořist
24. Model intraguild predace
25. Model parazitoid-hostitel
26. Model patogen-hostitel
27. Projekty

Dokončením textu skript byla završena dlouhodobá práce na jejich přípravě. Recenze připraveného materiálu se ujal prof. Emil Tkadlec; na základě jeho připomínek byla v závěru roku upravena náplň textu do konečné podoby.

Předměty